全光譜流式細胞儀的調試和校準： 在使用前，甚至在使用過程中都要精心進行調試，以保證工作的可靠性和佳性。調試的項目主要是激光強度、液流速度和測量區的光路等。
激光強度:除調整反射鏡的角度以調整到所需波長的激光出光外，還要結合顯示屏上的光譜曲線使激光的強度輸出為大。
液流速度:可通過操作臺數字顯示監督，調節 氣體壓力大小以獲得穩定的液流速度。
測量區光路調節 :這是調試工作的關鍵。需要保證在測量區的液流、激光束、90散射測量光電系統垂直正交，而且交點較小。一般可在用標準熒光微球等校準中完成。
流式細胞術中所測得的量是相對值，因此需要在使用前或使用中對系統進行校準或標定，這樣才能通過相對測量獲得的意義。
因而FCM中的校準具有雙重功能:儀器的準直調整和定量標度。標準樣品應該穩定，有形成份形狀應是大小比較一致球形，樣品分散性能良好，且經濟、容易獲得。
全光譜流式細胞儀儀器的操作和使用流程：
1、 打開電源，對系統進行預熱；
2、 打開氣體閾，調節 壓力，獲得適宜的液流速度；開啟光源冷卻系統；
3、 在樣品管中加入去離子水，沖洗液流的噴嘴系統；
4、 利用校準標準樣品，調整儀器，使在激光功率、光電倍增管電壓、放大器電路增益調定的基礎上，0和90散射的熒光強度強，并要求變異系數為小；
5、 選定流速、測量細胞數、測量參數等，在同樣的工作條件下測量樣品和對照樣品;同時選擇計算機屏上數據的顯示方式，從而能直觀掌握測量進程；
6、 樣品測量完畢后，再用去離子水沖洗液流系統；
7、 因為實驗數據已存入計算機硬盤(有的機器還備有光盤系統，存貯量更大)，因此可關閉氣體、測量裝置，而單獨使用計算機進行數據處理；
8、將所需結果打印出來。
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